谈谈分子半径的计算和分子形状的描述

2023-08-27 01:54:54 来源：个人图书馆-mavy76

(相关资料图)

然后在Graphics - Representation里把显示方式改成CPK，最后效果如下，可见这个圆球比较好地包裹了整个水分子。

对于凝聚相体系，由于分子间互相挤压或者存在诸如氢键这种相互作用，原子的范德华半径会在一定程度上被穿透，所以，上述方法估算的分子半径可能有所高估。因此，加上原子范德华半径时可以考虑给范德华半径乘个<1的刻度因子来体现这个效应。

上述两种方法结果往往相差不大，由于计算简便，适合计算很大体系的半径，如蛋白质。对于点比较多的情况，计算要花不少时间。算完后屏幕上会看到诸如然后输入drawbox -2.0419 -5.9055 -3.7916 2.0420 5.9055 3.7916，就可以根据前面得到的数据绘制出相应的盒子。可见盒子能很好地扩住分子。

对于结构很复杂的体系，想要比较准确地且解析地描述它的形状，无论是圆球、圆片/圆柱或矩形盒子模型都已经不再适用，这种情况可以用球谐函数展开来表现，这在本文就不谈了。

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